HPビルダーには、いろいろな機能があります。
そして、その機能を生かすために、「確認」として、いろいろな画面を出して確認が出来るようになっています。

hitさんから頂いた、質問としてもらった添付の画像で見ますと、
「ビジュアルサイトビュー」という画面になっている状態です。

これは、間違いでも何でもないのです。

「ビジュアルサイトビュー」とは、どのページから、どのページにリンクがされているか?　を、ビジュアル(画像として)に、サイト(HP)を、ビューする(眺める)、と言う意味の画面です。

今、hitさんから貰った画像ですが、↓↓
(ちょっと縮めましたので、文字が潰れて見難いかも知れませんが・・)




コレは、ちゃんと、表紙の「index.htm」というトップページが作られている　ことを意味しています。

赤で囲ってある、ナビメニュー、素材集、また、リンク、フォルダ、などのタブがありますが、これが、いろいろな作業画面の切り替えですので、
自分で触って、何をする画面か? を確認して慣れてください。

左のナビメニューのタブになっているのを、素材集のタブに切り替えると、更にその中に、「サイト」「素材」があります。
また、その「サイト」の表示の中には、更に、「リンク」「フォルダ」があります。

上図は、ちょっと強引に(苦笑)縮めてしまったので、ちょっと見難いですが、青丸の部分、
ちゃんと、「表紙が在る」ことを意味しています。

ビジュアルサイトビューを見る場合は、ツールバーで


この赤マークの部分です。

その他、ツールバーなども自分なりに使いやすいようにカスタマイズできます。

通常、このトップページから、いろいろなページや外部サイトのURLなどにリンクをかけると、この表示画面には、その他のリンク先がこの図の表紙のように表示されて、一目瞭然に、リンクの状態がわかるようにしてある画面が、このビジュアルサイトビューの画面です。

今、このビジュアルサイトビューで青丸で囲んである、部分をクリックすれば、この表紙の編集画面になります。

「ｉｎｄｅｘ．ｈｔｍがすでにありますが上書きしますか」と　出てきて
「はい」とやってしまったのですが、
それは「いいえ」のほうが良かったのでしょうか？

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この件ですが、上書きするというのは、同じファイルを触って、編集したりしたときに、そのファイルを新しく更新する場合に出てきます。
コレはビルダーに関係なく、ワードやエクセル、その他の「編集モノ」なら全て同じ考えで結構です。

ご質問の件では、「はい」「いいえ」どっち?　とありますが、
hitさんがどうしたしたいか?　の問題で、どちらでも結構です。

新たに表紙を作って、古いモノを差し替えしたいなら、「はい」です。
コレで、古いものは差し替えられてなくなります。

また、新しく作ったけど、やっぱり前のにしておこうと思うなら、「いいえ」です。